Dei sedimenti rimessi in sospensione solo 30.000 provengono ancora dall'entrata dei fiumi, mente 70.000 si originano dall'erosione delle barene e 2.100.000 da quella dei fondali. Di questi sedimenti, 1.100.000 metri cubi si ridepositano in laguna e in parte interrano i canali, mentre altri 700.000 escono dalle bocche di porto. Fino a poco tempo fa 400.000 metri cubi provenienti dai dragaggi venivano scolmati a mare, oggi sono trattenuti in laguna per la ricostruzione di velme e barene.

Alcuni dati sulle trasformazioni della laguna dall'inizio del secolo ad oggi:

• 60.000.000 di tonnellate di sabbia si sono perse in mare;
• la superficie delle barene si è ridotta da 70 a 40 km quadrati;
• la profondità dei fondali è aumentata di 35 cm con conseguente aumento dell'energia del moto ondoso.

La laguna di Venezia non è sempre stata così, anzi essa si è sostanzialmente modificata nell'arco dei secoli. Rispetto al passato, la laguna è oggi più grande, più profonda, più piatta, più salata, più sporca. Gli interventi dell'uomo hanno rappresentato un fattore decisivo nel processo che ha invertito la naturale tendenza della laguna verso l'interrimento e ha innescato l'attuale tendenza alla trasformazione in un ambiente marino.
Per secoli i Veneziani dovettero infatti intervenire per difendere la laguna contro interramenti e impaludamenti: era necessario allontanare il materiale solido, sia quello trasportato dai fiumi, sfocianti direttamente in laguna, sia quello che il mare depositava alle bocche ostruendole. Il problema dei fondali alle bocche non fu mai risolto dalla Repubblica di Venezia: le varie opere costruite alle bocche non si dimostrarono di grande efficacia, fino alla costruzione dei moli iniziata nella seconda metà del XIX secolo.
La difesa dal materiale di origine fluviale ebbe al contrario un grande successo: le deviazioni dei fiumi Brenta e Sile, che sfociavano in laguna, e l'allontanamento delle foci del Piave e del Po, che investivano troppo da vicino le bocche, impedirono che la laguna si trasformasse in terraferma, ma innescarono col tempo il processo opposto, per cui oggi la laguna perde sedimenti verso il mare e oppone sempre meno resistenza alle forze disgregatrici.

Riassumendo, da un lato la deviazione dei fiumi ha fatto sì che sabbia, limo e altri materiali solidi non riuscissero più a raggiungere la laguna. Dall'altro, il flusso proveniente dal mare si è ridotto, in parte perché intercettato dai moli, in parte perché il trasporto litoraneo dei sedimenti è diminuito in seguito all'irregimentazione dei corsi d'acqua. Nel contempo hanno avuto importanti effetti sull'ambiente lagunare anche molte opere realizzate per soddisfare esigenze produttive, come nel caso dello scavo di grandi canali artificiali che hanno innescato meccanismi di trasporto trasversale dei sedimenti dai bassifondi e dalle barene verso i canali.
Le cause che contribuiscono alla progressiva erosione sia dei fondali interni che del cordone litoraneo sono comunque costituite, oltre che dalle sabbie sottratte o perdute , anche dal sommarsi di altri fattori quali i fenomeni naturali, il moto ondoso, la scomparsa delle fanerogame, le tecniche di pesca.

Tra i fenomeni naturali, eustatismo e subsidenza hanno determinato un'importante perdita altimetrica del livello del suolo rispetto al mare che, unita alla subsidenza antropica causata dal prelievo d'acqua dal sottosuolo, corrisponde a oltre - 23 cm.

Il moto ondoso, causato dalle correnti, dal vento e dalle imbarcazioni a motore, ha a sua volta aggravato il processo di erosione delle strutture morfologiche, mentre l'approfondimento dei fondali e la scomparsa delle barene accentuano a loro volta la violenza delle onde.

La scomparsa delle fanerogame, essenzialmente dovuta all'inquinamento, ha privato la laguna di una importante pianta acquatica che, con le sue lunghe radici, consolida i fondali, contrastando l'erosione.

Infine, anche alcune tecniche di pesca hanno effetto devastante sui fondali, soprattutto l'uso illegale delle turbosoffianti che aspirano fino a 40-50 cm di profondità per raccogliere le vongole, ma insieme a queste sradicano dal fondale ogni forma di vita.

L'attuale dinamica dei sedimenti in laguna è tale da provocare la graduale scomparsa degli elementi morfologici specifici dell'ambiente lagunare. Questa tendenza si osserva nella graduale scomparsa di velme e barene, nell'approfondimento graduale e costante dei fondali, nella scomparsa dei ghebi, nella riduzione della sezione dei canali. In breve, la laguna sta perdendo la sua "forma" e tende invece verso un "appiattimento" che fa sì che la marea si espanda senza direzioni preferenziali, come in una baia.

Una volta innescato, il processo erosivo tende ad autoalimentarsi, perché l'approfondimento generale dei bassifondi causa un aumento rilevante del moto ondoso, che a sua volta determina un'erosione sempre più forte. Questo si accompagna al degrado dell'acqua determinato dall'inquinamento e al bilancio negativo dei sedimenti in laguna. Tutti i fenomeni descritti, se lasciati progredire, sono destinati a trasformare la laguna in un braccio di mare, con conseguenze negative sia sull'ecosistema che sulle attività umane.
Le principali conseguenze sono la riduzione della varietà delle specie, l'aumento del rischio di danno alle strutture poste a difesa degli abitati e agli abitati stessi, l'aumento delle difficoltà della navigazione interna, il degrado complessivo della qualità ambientale e la perdita di capacità di autodepurazione della laguna.

L'erosione delle barene è visibile ad occhio nudo: i loro margini appaiono come sgretolati, al loro interno si aprono fratture più o meno ampie, i chiari si allargano sempre più fino a ricongiungersi con lo specchio lagunare.