La ricchezza e la complessità morfologica dell'ecosistema lagunare vanno via via scomparendo per effetto di una serie di fattori che si alimentano tra loro. Erosione, acque alte, moto ondoso stanno gradualmente trasformando la laguna per cui essa perde le sue caratteristiche fisiche di zona umida e assume invece quelle, semplificate e indifferenziate, dell'ambiente marino. Inoltre, fattori quali la presenza di sostanze inquinanti nei fondali lagunari o nei siti utilizzati in passato come discariche espongono l’ecosistema al rischio di crisi ambientali.

Obiettivo degli interventi è contrastare i fenomeni di degrado dell’ecosistema riconducibili ai processi erosivi in atto e all’inquinamento delle acque e dei sedimenti. Per ottenere questo risultato è necessario ripristinare o tutelare gli elementi morfologici tipici della laguna e le fondamentali funzioni idrodinamiche e naturalistiche che essi svolgono e ridurre gli apporti e le sostanze inquinanti.

Il programma si articola in interventi di recupero morfologico e interventi per il miglioramento della qualità di acque e sedimenti.