Il disinquinamento delle acque che scolano in laguna dall’entroterra è di competenza della Regione del Veneto, che ha messo in atto un quadro programmatico di interventi per il disinquinamento del bacino scolante, di cui molti sono in avanzata fase di progettazione, altri in corso.
Le opere per "l'arresto e l'inversione del processo di degrado del bacino lagunare", ovvero gli interventi per il miglioramento della qualità delle acque e dei sedimenti lagunari, sono invece prevalentemente di competenza dello Stato e vengono realizzate dal Magistrato alle Acque attraverso il Consorzio Venezia Nuova.
Questi ultimi interventi si coordinano strettamente con quelli programmati dalla Regione del Veneto sul territorio del bacino scolante per la riduzione dei carichi recapitati in laguna e con le strategie indicate dalla Regione nel Piano Direttore 2000.

L’erosione della laguna è riconducibile in parte a dinamiche naturali, in parte a interventi dell’uomo, sia del passato (come l’estromissione dei fiumi) sia di questo secolo (come lo scavo di grandi canali di navigazione e la costruzione dei moli alle bocche di porto).
I processi erosivi, congiuntamente all’aumento della profondità dei fondali per subsidenza ed eustatismo, hanno innescato l’attuale tendenza della laguna a trasformarsi in un “braccio di mare” le cui principali e più evidenti manifestazioni sono: il graduale degrado delle isole minori; la progressiva scomparsa di barene e velme; l’approfondimento costante dei fondali; l’interramento dei canali.

E’ una terminologia che si riferisce alla legge speciale n. 798/84 che, tra gli obiettivi degli interventi di salvaguardia di competenza dello Stato, citava appunto "l'arresto e l'inversione del processo di degrado del bacino lagunare". In quest’ambito ricadono tutte le opere volte a migliorare la qualità delle acque e dei sedimenti lagunari che vengono realizzate dal Magistrato alle Acque tramite il Consorzio Venezia Nuova.

Perché moto ondoso e correnti, acque alte, innalzamento del mare e abbassamento del suolo stanno progressivamente provocando la scomparsa delle velme e delle barene che, lentamente erose e "sgretolate", "franano" nei canali, interrandoli.
La ricostruzione di velme e barene, con l’impiego dei sedimenti provenienti dalla ricalibratura dei canali lagunari, è perciò un’opera di attenta manutenzione dell'ecosistema lagunare che fa ricorso a modalità attuative proprie del ripristino ambientale e comporta la messa a punto di tecnologie nuove o rinnovate.
Questi interventi vengono progettati e realizzati in modo mirato, secondo una strategia che non intende ripristinare la "forma" della laguna e riportarla al suo antico aspetto, quanto piuttosto ripristinare la funzione idrodinamica e ambientale dei suoi elementi costitutivi, quali appunto velme e barene, che è quella di favorire il ricambio dell'acqua, moderare l'azione del moto ondoso e limitare la dispersione in laguna e la perdita a mare dei sedimenti. Particolare attenzione, inoltre, è sempre rivolta all'aspetto naturalistico e ambientale degli interventi che ripristinano un habitat primario e insostituibile per flora e fauna.

Ciò è sempre stato fatto e, dal 1993, uno specifico Protocollo distingue i materiali dragati e ne vincola l'utilizzo, a seconda delle loro caratteristiche chimico-fisiche. Nel documento sono individuate le diverse categorie di fanghi, classificate in base alla concentrazione di sostanze inquinanti in essi presenti.